Beliau dilahirkan pada 6 Disember 1938 di Tapah, Perak, pada waktu perayaan wali popular kanak-kanak, St. Nicholas.[2] Mendapat pendidikannya di Sekolah Sultan Yusuf di Batu Gajah, beliau memasuki seminari kecil pada tahun 1955 dan memulakan pembentukan imam di Kolej General di Pulau Pinang tiga tahun kemudian. Pakiam ditahbiskan sebagai imam pada 10 Mei 1964, dan berkhidmat sebagai pembantu paderi di Gereja St. Louis, Taiping. Pada tahun berikutnya, beliau telah ditugaskan ke Gereja St. Francis Xavier di Pulau Pinang dan menjadi Paderi Paroki Gereja Our Lady of Lourdes, Silibin, Ipoh dari 1970-72.[3]

Pakiam menamatkan pengajian untuk Ijazah Sarjana Moral Teologi (Etika) di Universiti Lateran di Rom pada tahun 1974, dan sebaik sahaja beliau pulang ke Malaysia, menjadi pensyarah di Kolej General Pulau Pinang. Pada tahun 1978, beliau dilantik sebagai Rektor Kolej Am dan berkhidmat selama dua penggal. Pada tahun 1989, beliau menerima Ijazah Sarjana dalam bidang Bimbingan dan Kaunseling dari Universiti De La Salle, Manila, Filipina. Beliau kemudiannya berkhidmat sebagai Paderi Paroki Gereja Nativity di Butterworth dari 1989-95.[3]

Beliau telah dilantik sebagai uskup bantu Kuala Lumpur dan uskup tituler Chunavia pada 1 April 1995, dan telah ditahbiskan uskup tituler Chunavia, Epirus Nova, yang dikenali sebagai Penahbisan Episkopal,[3] pada 4 Oktober 1995 di College General di Pulau Pinang.[4]

Pada 24 Mei 2003, Pakiam menggantikan Anthony Soter Fernandez, yang meletak jawatan kerana masalah kesihatan, sebagai ketua uskup metropolitan Kuala Lumpur.[2] Pertabalan beliau berlaku lima hari kemudian, pada 29 Mei 2003. Konsekrator ibu beliau ialah Ketua Uskup Anthony Fernandez dan konsekrator ibu bersama ialah Ketua Uskup James Chan Soon Cheong dan Uskup Anthony Selvanayagam.[4] Beliau adalah presiden Persidangan Uskup Katolik Malaysia, Singapura dan Brunei.

Pada 13 Disember 2013,[5] Paus menerima perletakan jawatan Ketua Paderi Pakiam atas ulang tahunnya ke-75. Dalam amalan, Biskop Rom boleh membuat keputusan untuk segera menerima surat peletakan jawatan itu, atau menyimpan uskup dalam perkhidmatan sehingga pengganti dipilih. Paus telah memilih untuk menerima peletakan jawatan Ketua Uskup Pakiam sebaik sahaja beliau menerimanya walaupun penggantinya, Ketua Uskup Julian Leow Beng Kim, hanya dilantik pada 3 Julai 2014.[6]